Sở Giao dịch Chứng khoán Hà Nội (Sở GDCK Hà Nội) được thành lập theo Quyết định số 01/2009/QĐ-TTg của Thủ tướng Chính phủ trên cơ sở chuyển đổi, tổ chức lại Trung tâm Giao dịch chứng khoán Hà Nội (thành lập theo Quyết định số 127/1998/QĐ-TTg và khai trương hoạt động vào ngày 08/03/2005). Ngày 24/06/2009, Sở GDCK Hà Nội chính thức ra mắt, hoạt động với mô hình Công ty TNHH một thành viên do Nhà nước (đại diện là Bộ Tài chính) làm chủ sở hữu.
Với chức năng là đơn vị chịu trách nhiệm tổ chức, vận hành và quản lý thị trường giao dịch chứng khoán, Sở GDCK Hà Nội đã có những đóng góp quan trọng vào sự phát triển chung của thị trường chứng khoán Việt nam, phục vụ mục tiêu phát triển kinh tế của đất nước. Sở GDCK Hà nội đã triển khai tích cực, hiệu quả hoạt động đấu giá cổ phần, hoạt động đấu thầu trái phiếu Chính phủ và vận hành các thị trường giao dịch (thị trường cổ phiếu niêm yết, thị trường cổ phiếu công ty đại chúng chưa niêm yết (UPCoM), thị trường trái phiếu chính phủ (TPCP) và thị trường chứng khoán phái sinh).
14/07/2005: Khai trương, vận hành thị trường giao dịch chứng khoán niêm yết tại HASTC, hệ thống giao dịch do HASTC phối hợp với nhà thầu trong nước xây dựng và phát triển. Ban đầu, áp dụng phương thức giao dịch duy nhất là giao dịch thỏa thuận, các công ty chứng khoán cử đại diện giao dịch đến sàn giao dịch tại HASTC và trực tiếp nhập lệnh giao dịch của nhà đầu tư vào hệ thống giao dịch.
02/11/2005: Áp dụng bổ sung phương thức giao dịch khớp lệnh liên tục (ban đầu gọi là phương thức báo giá trung tâm) trên thị trường cổ phiếu niêm yết, song song với phương thức giao dịch thoả thuận, nhằm tạo thuận lợi cho nhà đầu tư trong giao dịch và tăng tính thanh khoản cho thị trường.
24/06/2009: Khai trương vận hành thị trường đăng ký giao dịch chứng khoán công ty đại chúng chưa niêm yết (UPCoM).
24/09/2009: Khai trương hệ thống giao dịch trái phiếu Chính phủ chuyên biệt, tách biệt hệ thống giao dịch trái phiếu Chính phủ ra khỏi hệ thống giao dịch cổ phiếu, đáp ứng các yêu cầu đặc thù của giao dịch trái phiếu Chính phủ.
29/11/2010: Áp dụng công nghệ giao dịch trực tuyến trên thị trường UPCoM, tương tự như đã áp dụng cho thị trường cổ phiếu niêm yết.
08/05/2012: Triển khai hệ thống quản lý thông tin công ty (CIMS) đối với các tổ chức niêm yết, theo đó các tổ chức niêm yết tự truy cập qua đường truyền internet để chuyển các báo cáo và thông tin công bố đến SGDCK Hà Nội thay vì gửi bản cứng như trước kia.
06/08/2012: Áp dụng hệ thống đấu thầu trái phiếu điện tử, cho phép thành viên đấu thầu có thể nhập phiếu dự thầu từ xa, sửa/hủy phiếu thầu theo diễn biến của thị trường, nhận kết quả đấu thầu trực tuyến tức thời, giúp rút ngắn thời gian xét thầu, xác định kết quả đấu thầu và kết nối cơ quan quản lý, tổ chức phát hành, tổ chức thị trường với toàn thể thành viên đấu thầu trái phiếu Chính phủ.
24/08/2012: Khai trương hệ thống giao dịch tín phiếu Kho bạc, lần đầu tiên sau hơn 17 năm phát hành, tín phiếu Kho bạc được đưa vào giao dịch trên thị trường, góp phần tạo tính thanh khoản cho tín phiếu, đồng thời thể hiện sự kết nối công cụ ngắn hạn và dài hạn của trái phiếu Chính phủ.
29/07/2013: Chính thức vận hành hệ thống giao dịch cổ phiếu phiên bản 5 (Core I5), đánh dấu sự phát triển về công nghệ và khả năng làm chủ hệ thống công nghệ của SGDCK Hà Nội. Với cơ chế khớp lệnh trên bộ nhớ đệm đã gia tăng năng lực xử lý của hệ thống: tốc độ xử lý lệnh trong cùng một thời điểm có thể đạt 15.000 - 20.000 lệnh/giây, năng lực của hệ thống có thể đạt mức 20 - 30 triệu lệnh/phiên.
16/08/2013: Lần đầu tiên chương trình đánh giá chất lượng quản trị công ty đối với doanh nghiệp niêm yết được SGDCK Hà Nội tổ chức với mong muốn thúc đẩy nâng cao nhận thức của doanh nghiệp niêm yết về công bố thông tin và minh bạch, đảm bảo cung cấp thông tin một cách đầy đủ kịp thời cho tất cả các cổ đông. Qua đó cũng nâng cao nhận thức cho nhà đầu tư về các quyền của cổ đông đối với doanh nghiệp, hướng tới lợi ích lâu dài của công ty và đóng góp nhiều hơn cho nền kinh tế và xã hội.
29/12/2014: Chứng chỉ quỹ hoán đổi danh mục (ETF) đầu tiên chính thức được niêm yết trên SGDCK Hà Nội, chứng chỉ quỹ ETF của Công ty TNHH Quản lý Quỹ SSI với mã chứng khoán E1SSHN30, đáp ứng nhu cầu đa dạng của nhà đầu tư và giúp khơi thông nguồn vốn trên thị trường chứng khoán.
24/10/2016: Chính thức vận hành chỉ số chung của TTCK Việt Nam - VNX Allshare, đại diện cho hơn 95% giá trị vốn hóa và 97% giá trị giao dịch cổ phiếu niêm yết trên TTCK Việt Nam. Đây là nỗ lực của 2 SGDCK cũng như của UBCKNN trong việc minh bạch hóa, tạo niềm tin đối với các nhà đầu tư, hướng đến mục tiêu tăng trưởng bền vững của TTCK Việt Nam. Trong kỳ đầu tiên, VNX Allshare có 388 cổ phiếu, trong đó 180 cổ phiếu từ SGDCK Hà Nội.
25/10/2017: Khai trương giao dịch cổ phiếu Công ty TNHH MTV Nước giải khát Sanest Khánh Hòa, doanh nghiệp đầu tiên thực hiện gắn đấu giá cổ phần hóa doanh nghiệp nhà nước với đăng ký giao dịch trên thị trường UPCoM theo Thông tư 115/2016/TT-BTC ngày 30/6/2016 của Bộ Tài chính sửa đổi, bổ sung một số điều của Thông tư số 196/2011/TT-BTC ngày 26/12/2011 của Bộ Tài chính hướng dẫn bán cổ phần lần đầu và quản lý, sử dụng tiền thu từ cổ phần hóa của các doanh nghiệp 100% vốn nhà nước thực hiện chuyển đổi thành công ty cổ phần. cổ phiếu lên giao dịch trên UPCoM chỉ trong vòng hơn 1 tháng kể từ ngày đấu giá, ngay cả khi công ty chưa hoàn tất quá trình chuyển đổi thành công ty cổ phần.
05/11/2018: Áp dụng bổ sung phiên khớp lệnh sau giờ (từ 14h45 - 15h00 với loại lệnh duy nhất là lệnh PLO) nhằm gia tăng tính thanh khoản cho thị trường, đồng thời gia tăng cơ hội giao dịch cho nhà đầu tư tại thời điểm cuối ngày giao dịch.
13/07/2021: Tổ chức thành công phiên đấu thầu mua lại trái phiếu Chính phủ có kỳ hạn của Kho bạc Nhà nước. Đây là lần đầu tiên Kho bạc Nhà nước trở thành nhà đầu tư trên thị trường công cụ nợ, có thể mua lại trái phiếu Chính phủ trên thị trường thứ cấp do chính tổ chức này phát hành, góp phần gia tăng tính cạnh tranh trên thị trường, thúc đẩy các giao dịch, hỗ trợ thanh khoản cho các thành viên thị trường và giúp tăng cường quản lý hiệu quả hơn cho ngân sách Nhà nước.
06/08/2021: SGDCK Hà Nội chính thức chuyển đổi mô hình hoạt động theo Quyết định số 37/2020/QĐ-TTg ngày 23/12/2020 của Thủ tướng Chính phủ về việc thành lập SGDCK Việt Nam, và quyết định số 01/QĐ-HĐTV ngày 30/6/2021 của SGDCK Việt Nam về việc thành lập SGDCK Hà Nội là công ty con của SGDCK Việt Nam. SGDCK Hà Nội thay đổi chủ sở hữu; không thay đổi ngành nghề kinh doanh, mã số thuế, địa chỉ trụ sở chính,... và kế thừa các quyền và nghĩa vụ hợp pháp của Sở GDCK Hà Nội sau khi chuyển đổi hoạt động sang mô hình mới theo chủ trương của Chính phủ.
27/10/2021: Chính thức áp dụng bổ sung phương thức đấu thầu đa giá trong đấu thầu trái phiếu Chính phủ, nhằm tăng thêm hiệu quả trong hoạt động huy động vốn cho ngân sách Nhà nước, góp phần hạ lãi suất đấu thầu.
19/07/2023: Khai trương vận hành hệ thống giao dịch trái phiếu doanh nghiệp riêng lẻ chính thức tại SGDCK Hà Nội, đánh dấu bước phát triển quan trọng của thị trường với việc trái phiếu doanh nghiệp riêng lẻ lần đầu tiên được quản lý giao dịch tập trung tại SGDCK nhằm quản lý và phát triển thị trường trái phiếu doanh nghiệp riêng lẻ lành mạnh, ổn định, hiệu quả, minh bạch.